北京化工大學計劃招標采購分子模擬及藥物設計軟件1套，現(xiàn)對技術指標和招標工作說明如下：
一、技術指標
(1) 藥物設計軟件
功能 技術指標
基礎界面模塊
(能提供4個用戶（含）界面以上） l）可以實現(xiàn)分子結構搭建，優(yōu)化，比較，結構和相關數(shù)據的可視化，注釋，硬拷貝等；
2）可以做分子動力學；可以加入任意多種溶劑，考察在不同溶劑環(huán)境中生物大分子的性質；
3）可以做周期邊界動力學模擬；
4）可以計算符合某種性質的表面面積；
5）可以生成離子通道和分子內空穴表面；
定量構效關系研究 l）提供應用最廣泛的三維定量構效關系模塊；
2）提供可以基于三維定量構效關系結果進行虛擬篩選的工具；
小分子構象分析分析研究和分子結構轉化 1）提供至少兩種以上構象搜索方法；
2）要求分子轉化工具能迅速，能批量的將多種格式的分子非常精確的由二維轉為三維；
藥效團分析和分子疊合 1）提供三維藥效團模建工具；
2）可以自動生成藥效團模型和分子疊合；
3）分子疊合結果可以用于數(shù)據庫搜索和3D-QSAR 研究；
基于大分子的虛擬篩選工具 1）提供可生成原型分子模型的分子對接軟件；
2）對接時可保持小分子的部分結構不動；
3）提供FlcxX 的圖形界面；
4）可以進行DNA 一蛋白對接，多膚一蛋白質對接；
生物大分子基本平臺和同源模建 l）可以搭建、編輯、顯示和分析膚、蛋白質、DNA 很NA 和碳水化合物結構;
2) 要求軟件在靶標活性位點未知的情況下可以搜索活性位點，要求軟件可以分析搜索到的活性位點的疏水區(qū)，親水區(qū)，正電區(qū)，負電區(qū)，氫鍵的給體和供體部位。
3) 要求軟件可以利用已知活性化合物的化學特征定位靶標活性位點。
4）可以采用空腔探測法確定生物靶標內部或表面潛在的結合位點，快速識別蛋白質中小分子可能的結合位點；
5）同源模建序列比對采用環(huán)境特異性替換表和環(huán)境特異性的罰分，自動選擇序列對比算法；
7）具有網絡同步更新的本地蛋白質庫；
化學信息學 l）具有數(shù)據庫搜索、分析、管理、構建功能；
2）可以進行基于分子二維結構，三維結構，相似性，藥效團的數(shù)據庫搜索；
3）可以直接定義活性位點中的供體原子，受體原子等做為提問條件，進行虛擬篩選；
4）可以定義兩個原子間連接化學鍵的個數(shù)，以此生成符合要求的化合物；
5）可以基于QSAR 模型進行虛擬篩選；
軟件接口程序 1）提供半經驗、量化軟件計算接口；提供其它對接軟件接口；2）提供多個數(shù)據庫供虛擬篩選用；
服務 1）提供軟件使用專業(yè)培訓；
2）提供終身免費電話，Email 技術支持；
3）提供軟件小版本免費更新；
4）提供的數(shù)據庫為永久版本；

投標商需要具備以下資質：
1、投標軟件必須是國際通用、技術成熟的商用軟件，能提供統(tǒng)一完整的linux 和windows 計算環(huán)境。
2、模擬軟件各模塊之間可以實現(xiàn)數(shù)據共享，并且可以和數(shù)據庫產品聯(lián)合使用。
3、產品在中國需要有廣泛的用戶基礎，直接用戶數(shù)量大于50 家，同時產品在中國需要有3 年以上的推廣歷史。
4、投標商需要在中國有常駐辦事處或分公司，可以及時解決用戶提出的相關軟件技術問題并做好軟件的售后服務。
(2) 量子化學計算軟件
功能：計算分子能量和結構，過渡態(tài)能量和結構，鍵和反應能量，分子軌道，多重矩，原子電荷和電勢，振動頻率，紅外和拉曼光譜，核磁性質，極化率和超極化率， 熱力學性質，反應路徑等。計算可以對體系的基態(tài)或激發(fā)態(tài)執(zhí)行�？梢灶A測周期體系的能量，結構和分子軌道。
版本：Windows, Linux版本, 及Windows下的可視化功能。
(3) 分子動力學專業(yè)模擬軟件
功能：適用于大分子，特別是生物大分子的模擬，包括能量最小化，分子動力學和蒙特卡羅模擬等�？梢詾橛脩籼峁┨幚砀鞣N小分子、大分子（包括蛋白質、核酸和糖）的經驗化能量計算，包括：相互作用能及構象能量、局域最小化、旋轉勢壘、與時間相關的動力學行為、振動頻率等。模擬過程提供了有關分子結構、相互作用、能量等信息。
版本：Linux版本
(4) 建立共同研發(fā)和共同開發(fā)軟件的聯(lián)合實驗室；
藥物設計軟件方面能提供20個用于教學研究的用戶數(shù)，并建立共同研發(fā)，共同開發(fā)軟件的聯(lián)合實驗室。
二、招標工作
1、購買招標文件時間：2010年7月19日，14:00-16:30 。
2、購買招標文件地點：北京化工大學國有資產管理處設備科（朝陽區(qū)北三環(huán)東路15號北京化工大學辦公樓112室）。
3、招標文件售價：每本售價人民幣500元，售后不退。
4、投標截止時間和開標時間： 2010年7月21日上午8:30 (北京時間)；逾期收到或不符合規(guī)定的投標文件恕不接受（根據委托方要求，如有變化，另行通知）。屆時請貴方派代表出席開標儀式。
5、開標地點：北京化工大學會議中心小會議室。
6、聯(lián)系人***